Uppsala 1993. Den nittonårige amerikanen Paul har just kommit till staden för att läsa juridik och söka förståelse för sina svenska rötter. En omskakande uppgift om hans föräldrar kullkastar planerna och ett händelseförlopp med livsavgörande konsekvenser tar sin början. Boston 1986. Jonathan Freeman har mirakulöst blivit förtidsfrigiven från ett av Amerikas hårdaste fängelser. Ett ödesdigert misstag tvingar honom under jorden i ett försök att behålla sin nyvunna frihet. Skuggor över Boston är en spännande berättelse om sorg, kärlek, drömmar och orättvisor. Men framför allt handlar den om hur slumpmässiga händelser kan få våra liv att ändra riktning och om de osynliga trådar som väver öden samman. Tidsmässigt utspelar sig historien mellan 1973 och 2013. Geografiskt är historien huvudsakligen förlagd till Uppsala, Wien och Boston.