Gravitation handlar om den charmerande och olycksalige Shuichi, som styrs mycket mer av sina känslor än av förnuftet. Hans liv är inte lätt (mest på grund av honom själv), men Shuichi är fast besluten att lyckas med sitt band, som faktiskt bara består av honom själv och hans alltid lika glada vän, Hiro.
Shuichis kaotiska liv blir ännu mer komplicerat då han möter den mystiska författaren Eiri Yuki, som kanske, eller kanske inte, vill ha något att göra med Shuichi. Men Shuichi har inte för avsikt att ge upp Eiri, och snart dras de båda männen till varandra lika obönhörligt som om det vore gravitationens lagar som styrde dem.
Som om det inte skulle räcka, har Shuichi också problem med skolan och kampen för musiken, vilket gör hans berg-och-dal-bane-färd mellan eufori och förtvivlan fullkomligt oförutsägbar.