Johanna lever numera med Jonas och tvillingarna ute på halvön mellan Björnviken och Vargviken i Bohuslän. Livet är lugnt efter pandemin, ett lugn som visar sig vara bedrägligt. Carl Davén dyker plötsligt upp efter avtjänat fängelsestraff för narkotikasmuggling och ekobrott. När hon träffar på honom under sina promenader över klipporna får hon en obehaglig känsla av att han hotar henne. Carls bror, Jakob, varnar också för honom och polisen uppmanar till och med Johanna och Jonas att vara försiktiga. Flera otäcka händelser inträffar helt oväntat. Barn försvinner, en döende person kallar på Johanna och hela tiden mal det inom henne en evig fråga; ska hon någonsin få reda på vad som hände hennes far 1990? Johanna är övertygad om att familjen Davén vet mer om händelserna än vad de vill erkänna. En tavla i ett hus fångar hennes uppmärksamhet. Kan den leda henne vidare mot gåtans lösning? Där havsfåglar flyger är den tredje delen i en serie med Skärvor från det förflutna och Där havsormar väser.