Vattenförvaltningsutredningen har haft i uppdrag att bl.a. föreslå hur organisationen bör vara utformad för att underlätta en effektiv, samordnad, förankrad och ändamålsenlig förvaltning av yt- och grundvatten som uppfyller ramdirektivets krav, föreslå hur finansieringen av de åtgärder som följer av åtgärdsprogrammen bäst kan säkerställas, och lämna nödvändiga författningsförslag.